La asignación a las dos ramas se realiza en función al promedio de notas, de modo que aproximadamente la mitad de cada grupo cursa el Abitur. Los planes de estudio, que corresponden tanto a las normas alemanas (Baden-Württemberg) como a las bolivianas, están armonizados entre las ramas hasta el punto de que (con las calificaciones adecuadas) es posible cambiar de rama hasta el final de S3. El cambio a la rama D a partir de S4 ya no es posible debido a los exámenes centrales (ZK) procedentes de Alemania y a los requisitos alemanes para el Abitur. A partir de S5, ya no es posible cambiarse a la rama D. 

El enfoque pedagógico en la Secundaria es el desarrollo de la personalidad. Existe un programa de valores independiente con un currículo de valores para cada grado y talleres especiales adaptados a la edad respectiva. Los talleres son dirigidos regularmente por el departamento de orientación del Colegio Alemán de La Paz en estrecha colaboración con los jefes de curso. Las autoevaluaciones y el día de consulta de los estudiantes, también sirven para el desarrollo de la personalidad; este último tiene lugar una vez al año para S1 a S3. Además, los estudiantes participan en la evaluación de la enseñanza con el fin de mantener la calidad de la misma en el alto nivel actual y aumentarla individualmente en casos concretos. El concepto de «consejo de clase» se aplica en las clases semanales de los profesores. Los estudiantes se encargan de las funciones de moderación, reglas y vigilancia del tiempo, así como de las actas, y discuten y resuelven sus problemas de forma independiente.